Sars-CoV2 rapid test » Tehnologia RAA pentru detectarea SNP MTHFR A1298C

Odată cu finalizarea Proiectului genomului uman și a Proiectului internațional Haplotype Atlas, polimorfismele cu un singur nucleotid (SNPs) au devenit markeri eficienți pentru examinarea diversității caracteristicilor susceptibilității la boli complexe, efectelor tratamentului și reacțiilor adverse la medicamente. În prezent, cercetătorii au stabilit o serie de metode pentru genotiparea SNP-urilor. Cu toate acestea, metodele tradiționale de detecție, cum ar fi PCR în timp real, secvențarea ADN-ului, analiza polimorfismului de lungime a fragmentului de restricție (RFLP) și sistemul de mutație a rezistenței la amplificare PCR (PCR-ARMS) consumă timp și sunt inseparabile de sprijinul instrumentelor de precizie.

Polimorfisme grafice cu un singur nucleotid (SNP)

Recent, tehnologia izotermă de amplificare a acidului nucleic a primit o atenție considerabilă datorită compatibilității sale ridicate cu analiza clinică. Printre ele, tehnologia de amplificare izotermă (LAMP) mediată de buclă este cea mai frecvent utilizată în detectarea SNP, dar complexitatea proiectării sondei și temperatura de lucru (65 ℃) limitează spațiul său de aplicare. Unele studii au arătat că, deși metoda de amplificare a recombinazei polimerazei (RPA) poate obține efectul de a detecta mutații punctuale în genele tumorii prin utilizarea de coloranți intercalatori, controale interne și acizi nucleici peptidici, metoda are atât specificitate cât și sensibilitate scăzute. Amplificarea acidului nucleic mediat prin recombinaza (tehnologie de amplificare asistată de recombinaza, RAA) - această nouă tehnologie izotermă de amplificare a acidului nucleic oferă o soluție ideală pentru detectarea SNP.

5, 10-Mietilenetetrahidrofolat reductază (MTHFR) este o enzimă cheie în calea metabolizării acidului folic și joacă, de asemenea, un rol important în metabolismul homocisteinei. În prezent, au fost identificate unele polimorfisme în gena MTHFR. A1298C (rs1801131) este unul dintre SNP-urile studiate pe scară largă. Polimorfismul A1298C este localizat la 1298 pb în al 7-lea exon al genei MTHFR. Acest situs este supus unei transpuneri a nucleotidei de adenină la nucleotida de citozină, ceea ce duce la înlocuirea acidului glutamic codificat cu alanină. Substituția la A1298C va determina proteina codificată de gena MTHFR să fie într-o stare instabilă din punct de vedere termic și va afecta sinteza ADN-ului, stabilitatea genomică și menținerea nivelurilor de homocisteină în sânge. Multe studii au arătat că acest polimorfism este asociat cu diferite boli, inclusiv accident vascular cerebral ischemic, defecte ale tubului neural și boli cardiace congenitale. Prin urmare, clasificarea acestui SNP are o valoare clinică foarte mare.

Ilustrația poziției MTHFR A1298C pe cromozom

Un articol publicat în BioTechniques în 2018 a stabilit o metodă de detecție MTHFR A1298C (amplificare recombinaza direcționată cu sondă, PDRA) bazată pe tehnologia RAA. Metoda PDRA include două reacții în timp real pentru a detecta nucleotide de adenină și nucleotide de citozină în A1298C. Fiecare reacție conține o singură grundă și o sondă și poate fi completată în 39 de minute la 39 ° C. Precizia acestei metode în tastarea SNP este foarte mare. Rezultatele generării a 150 de probe clinice folosind această metodă sunt complet consecvente cu rezultatele secvențării directe. În plus, când s-a utilizat frecvența HCB a Proiectului Genom 1000 drept grup de control, s-a constatat că MTHFR A1298C era într-adevăr legată de boli cardiace congenitale.

Combinând o serie de rezultate ale cercetării, tehnologia RAA este un instrument eficient pentru detectarea SNP și are un potențial larg de aplicare în cercetarea științifică și în mediile clinice.

Consultați textul original pentru detalii:

Duan S, Li G, Li X, et al. A probe directed recombinase amplification assay for detection of MTHFR A1298C polymorphism associated with congenital heart disease . [J]. Biotechniques , 2018, 64 (5): 211.